不过刘衍也有解决办法，那就是将在明军中大力普及火器，今后的明军将全部参照新军的模式进行整顿，用装备优势和战术优势来抵消制度造成的战力消减。
新增商务部，以幕府商部部长宋公明为尚书，负责经营原幕府各处产业。
刘衍此番将幕府下属的产业全部“上交”朝廷，所有收益划归财部国库，这些产业也摇身一变，全都变成了大明版的“国企”，算是为大明开辟的一个重要财源。
当然，这些钱粮虽然是移交给了朝廷，可是现在这个朝廷却是刘衍掌控的，依然没能超脱刘衍的控制。
随着宋公明成为大明商务部的尚书，原本各处产业的主事也水涨船高，和火器督造处谭晓大、兵甲督造处主事徐乐，以及原幕府各司司丞一样，全部定为侍郎级别，以下火器坊、火药坊、采石场、矿业基地等主管，都是员外郎级别。
新增卫生部，由幕府医部部长鲍学镇为尚书，负责在大明各地建立医馆，发展卫生事业、防治瘟疫，培养医匠、研制随军药品等事务。
同时，刘衍的这份方略还整顿北镇抚司、南镇抚司，将南、北两司合并为军情部，由幕府情报司司丞吴国金出任尚书。
军情部的内部依然保留南北、镇抚司的建制，北镇抚司对外震慑周边部落、国家，南镇抚司对内监视百官，全部都有侦查、审问、抓捕、暗杀等各项职能。
至于幕府，刘衍决议取消幕府政务部，部长王文镇改任吏部尚书，原吏部尚书改任工部尚书。
幕府政务部署理司司丞尚文苑任刑部尚书。
至此，朝廷各部的改革暂时告一段落，礼部、御史台、鸿胪寺等衙门的人事和职能暂时不变。
但是在许铭宣读完方略之后，刘衍却看了看依然陷入震惊中无法自拔的百官，冷声说道：“太祖定下御史言官风闻言事的祖制，本意是好的，就是要让文武百官能够被时刻监视，让百官不能贪赃枉法，让奸臣不能祸国殃民。”
“只是时至今日，朝中的御史言官均以语不惊人死不休为己任，根本不管事情的真伪，也不管国事如何，只顾着沽名钓誉，只为自己搏名、只为打击政敌，如此便是乱政！”
“所以本公定下规矩：从今以后，御史台十三衙门弹劾朝中大臣、地方文武百官，必须要能够拿出切实的证据，不可风闻言事、不可打击异己、不可扰乱国事，否则必将重处！”
此话一出，朝野震动。
那些御史言官们看向刘衍神色复杂，这些言官原本就没有什么切实的权柄，能够在朝中占有一席之地，靠的就是弹劾之权，可是如今这个权力却被刘衍加以限制了，今后朝中大事还有言官的一席之地吗？
此时刘衍看着满朝文武，有人失落，有人激动，有人错愕，有人若有所思，百官百样，大殿之中陷入了不同寻常的沉寂。
“此外，本公还有一道命令：现在朝中除了都察院、五寺之外，共有礼部、吏部、刑部、工部、民政部、财政部、国防部、装备部、参谋部、农事部、卫生部、军情部、商务部，十三部，这十三尚书全部入阁，为内阁大臣，今后大明的军国大事，均由内阁发出，交陛下批红，然后转各部执行。”
也是从这一天开始，大明十三尚书的称呼便流传开来，虽然日后刘衍又对各部进行了一系列的改革，各部的数量也或增或减，但是十三尚书作为一个称呼，也被民间百姓习惯使用，专门作为内阁大臣的代名词。此为后话。
此时大殿上，陈新甲和蒋德璟神色复杂的看着刘衍，二人的结果还算是非常好的，至少在改革后的朝廷中，还占据着一席要地。
可是其余众臣就不一样了，随着六部扩充为十三部，各部的侍郎、员外郎都要大换血，刘衍麾下幕府的大批官吏要进入朝廷为官，原本六部的许多官吏将会被裁撤掉，势必会有很多人对刘衍怀恨在心。
可是刘衍对此也并不在意，古今中外，凡是改革就一定要流血，关键是流谁的血！
刘衍已经做好准备大开杀戒了，只要能够让华夏冲出困境，杀人也是必要的一个过程。
“朝廷的改革就是这样，各部的整顿要在两个月内完成，期间北京城要实行军管，任何人都要以军令为先。”
“两个月后，大明两京一十三省的府、州、县都要逐级进行改革，原本的六曹也要改革为十三曹，地方的具体整顿方略，本公会在一个月内下发到各府执行！”
众人再次被刘衍的举措震惊了，蒋德璟忍不住站出来说道：“阁老，兹事体大，是不是现在北直隶、山东两地执行，看成果如何，然后再推广到全国？”
刘衍斩钉截铁的说道：“就是因为兹事体大，本公才要直接全国推行。本公也不怕诸位知道，这套新政要抑制土地兼并、追回被侵占的军屯耕地、要限制豪强劣绅、要禁止官员经商买地、要重视工商发展、要裁撤军官家丁、要整顿天下卫所兵马、要限制将领拥兵自重等等，每一项都会引发动荡，每一项都会引来尸山血海！”
“所以